Необязательное поле, может быть изменено позже.
Счётчик определяет номер, под которым будет выпускаться документ. Например - "Счёт №1", "Счёт №2", и т.д.
Если счётчик не указан - будет создан новый для этого конкретного шаблона.
Если в поле указать существующий счётчик - то шаблон будет использовать его, таким образом можно добиться сквозной нумерации документов для нескольких разных шаблонов.
Использовать номер в названии или нет - вы можете решить самостоятельно, использовав или не использовав маску счётчика в названии.